Los miembros de la Future Foundation se reunieron para decidir su castigo, pero acabaron siendo atrapados en el lugar en el que se reunieron por Monokuma, quien les exige que den comienzo a la “Matanza Final”. Todos tienen unos extraños brazaletes puestos en las muñecas, y les administran tranquilizantes cuando llega cierto momento. Para empeorar las cosas, hay un verdadero traidor entre sus filas que se está dedicando a matar a los miembros de la Future Foundation.

En este juego en el que no existen los juicios, la única forma de librarse del traidor es encontrarlo y matarlo. Naegi se ve forzado a participar en el juego mortal definitivo, en el cual la única forma de sobrevivir es matar. Da comienzo la historia de desesperación en la que la propia esperanza acaba con la esperanza.