Ikoma, un chico que vive en la Estación Aragane y que ayuda a construir Expresos, locomotoras a vapor, crea su propia arma llamada “cañón perforador” para matar a estas criaturas. Un día, mientras espera una oportunidad para probarla, conoce a una chica llamada Mumei, que ha venido con la excusa de la inspección obligatoria de los kabane. Por la noche, Ikoma vuelve a encontrarse con Mumei cuando la Fortaleza Fusang está fuera de control; el personal de la locomotora se ha convertido en una de las criaturas. La estación, ahora bajo ataque de los kabane, es la oportunidad que Ikoma estaba esperando.

Un día, mientras la presidenta del consejo de estudiantes Kaoruko Rokuonji busca nuevos chicos que se unan al consejo, descubre que Koki es el autor del manga. Así Koki tendrá que unirse al consejo a cambio de que la presidenta no revele su consejo. Sin embargo, Ashe R. Sakuragi, la vicepresidenta, se opone a que Koki entre al consejo, y poco a poco se comienzan a acumular las peticiones y problemas de los estudiantes.