En The Butterfly Sign nosotros jugaremos como el único superviviente de un gran ataque terrorista, también el único testigo del incidente y la persona que solo ella puede contar la verdad al mundo. Un protagonista que decide actuar, y tomar una medicina experimental que le introduce en el palacio de su propia mente para restaurar todos los hechos ocurridos con perfecta exactitud. Mientras él está en sus memorias, debe encontrar al culpable paso por paso.
Jack (el protagonista) fue encontrado en un psiquiátrico, que se encuentra situado en las montañas del este de Europa, un hospital mental que desarrolló una medicina experimental llamada Rammex, creada con el fin de ayudar a los pacientes a recobrar la memoria, pero la medicina fue robada y tanto los pacientes como todos los empleados fueron matados.
Una parte del hospital fue destruida por una explosión y un terrible incendio, y Jack, el único superviviente, conoce la cara del asesino. Sin embargo tras el fuerte estallido perdió su memoria y ahora tiene que ir recolectando las pequeñas piezas de lo ocurrido. El doctor Romanov, científico jefe del hospital y el principal desarrollador de la Rammex, intenta ayudarlo. Rammex no cumple las normas como medicina apta para tomar por pacientes, puesto que cada mal paso que des puede conducirte a la muerte, a pesar de ello, Jack accede a ella como única vía para encontrar al criminal.
Como parte esencial del juego, los jugadores tendremos que encargarnos de encontrar pruebas e investigar los asesinatos, cada objeto u elemento tiene su importancia y tendremos que poner bastante atención para no dejarnos nada atrás. Cuando nos encontremos una escena del crimen tendremos que inspeccionar cada detalle a través del uso de un menú contextual; si el jugador elige la opción correcta del asesino, verá una escena en la que se reconstruye los eventos ocurridos y lo recordará, en cambio, si el jugador falla frecuentemente, sus recuerdos serán asíncronos y morirá. El juego se reiniciará desde el principio si el protagonista muere.
