Habiendo experimentado la batalla, que fue el inicio de la Primera Guerra Mundial del Otro Mundo, la humanidad a pasado a vivir en grandes ciudades flotantes en el mar construidas para evacuar cuando inició la Segunda Guerra Mundial del Otro Mundo apenas veinte años después de la primera.

En entonces cuando Kizuna Hida visita la Academia de Defensa Estratégia Ataraxia de la flota japonesa a petición de su hermana mayor, y donde conoce a Aine Chidorigafuchi, una chica que usa la armadura Heart Hybrid Gear Zeros para luchar contra el invasor. La chica tiene una lengua afilada y la relación del protagonista con ella no es sencilla, pero lo necesita. Cuando su armadura se queda sin energía… ¡la única forma de rellenarla es haciéndole cosas eróticas para que se excite!

Cuando Justice Akatsuka, conocido como “Seigi”, salva a un hombre de unos matones en la calle, el hombre le regala una misteriosa piedra en agradecimiento. En el momento en el que Seigi la acepta, un extraño tatuaje aparece en su mano.

“¿Dónde conseguiste ese tatuaje?”.

De camino a casa desde clase al día siguiente, Seigi es atacado por “Izzy”, una chica que lleva gabardina pese al clima templado que se da en la ciudad. Seigi se defiende con el jiujitsu que su abuelo le enseñó, pero la fuerza de Izzy le supera y su vida corre peligro.

Así da comienzo la batalla, entre una red de conspiraciones en cuyo centro está el propio Justice Akatsuka, el chico que obtuvo un “tatuaje” por pura casualidad.

Sin embargo, los estudiantes aprendieron que “el talento no es lo más importante en la vida, sino relacionarte con la gente y convertirte en mejor persona a la vez que creas recuerdos”. Sin embargo, poco sabían ellos de que ante sus narices se estaba ejecutando un misterioso proyecto y además se discriminaba entre los cursos.

Hajime Hinata es un muchacho del curso preliminar que está deseando tener una habilidad. Vivirá un fatídico encuentro que impulsará al futuro de la escuela en una dirección inesperada. Esta es la historia de lo que sucedió hasta “el mayor, más horroroso y más trágico evento de la historia de la humanidad”. La historia de una esperanza que acaba en desesperación.

Los miembros de la Future Foundation se reunieron para decidir su castigo, pero acabaron siendo atrapados en el lugar en el que se reunieron por Monokuma, quien les exige que den comienzo a la “Matanza Final”. Todos tienen unos extraños brazaletes puestos en las muñecas, y les administran tranquilizantes cuando llega cierto momento. Para empeorar las cosas, hay un verdadero traidor entre sus filas que se está dedicando a matar a los miembros de la Future Foundation.

En este juego en el que no existen los juicios, la única forma de librarse del traidor es encontrarlo y matarlo. Naegi se ve forzado a participar en el juego mortal definitivo, en el cual la única forma de sobrevivir es matar. Da comienzo la historia de desesperación en la que la propia esperanza acaba con la esperanza.