Illya y sus amigas ha acabado con su batalla contra el espíritu heroico que residía en la octava carta de clase. Ahora vuelven a estar en modo vacaciones, intentando aprovechar al máximo el verano. Sin embargo, sus esperanzas se desvanecen en un abrir y cerrar de ojos.

Una increíbke silueta aparece ante ellas cuando parten a investigar los extraños sucesos que ocurren en el Monte Enzou. Tras una pequeña escaramuza, todo el espacio se transporta. Illya se despierta en la ciudad de Fuyuki… pero en un mundo paralelo. El mundo en el que Miyu nació y creció.

“Protejamos lo que más queremos”. Las chicas mágicas luchan de nuevo para hacer realidad su tan ansiada vida normal.

Ikoma, un chico que vive en la Estación Aragane y que ayuda a construir Expresos, locomotoras a vapor, crea su propia arma llamada “cañón perforador” para matar a estas criaturas. Un día, mientras espera una oportunidad para probarla, conoce a una chica llamada Mumei, que ha venido con la excusa de la inspección obligatoria de los kabane. Por la noche, Ikoma vuelve a encontrarse con Mumei cuando la Fortaleza Fusang está fuera de control; el personal de la locomotora se ha convertido en una de las criaturas. La estación, ahora bajo ataque de los kabane, es la oportunidad que Ikoma estaba esperando.