Candy se pega a la portada del cuento de Pretty Cure en el primer día de clase de Miyuki Hoshizora, una estudiante de octavo grado. Cuando es atacada Miyuki se transforma en Cure Happy, para encontrar a las otras Pretty Cure y con Candy. La segunda en transformarse en Akane y se convierte en Cure Sunny, más tarde Yayoi en Cure Peace, luego Nao se transforma en Cure March y por último Reika es Cure Beauty. El emperador Pierrot tiene sirvientes: Joker que es el jefe de Wolfrun, Akaoni y Majorina, que son los encargados de revivir a su emperador y derrotar a las Pretty Cure. Todas juntas viven muchas aventuras.

Una serie de sucesos marcarán el comienzo de una nueva Guerra Santa por el Grial en Trifas.

En esta guerra se enfrentarán dos bandos: la Facción Negra, con 7 miembros de Yggdramillennia, y la Facción Roja, con 7 miembros de la Asociación de Magos, y será supervisada por un miembro de la Iglesia que no servirá a ningún bando.

Alrededor de 10 años después, este niño; llamado Gai, se convierte en aprendiz de Amon.

Este;pierde su brazo derecho en un accidente mientras fabricaba una espada. Amon para compensarlo le entrega una espada llamada “Shiryuu”,que se ha transmitido por generaciones, la cual tiene poderes demoníacos , y la convierte en un brazo artificial para Gai. Ese fue el comienzo de todo …

Sin embargo, se dice que gracias al hijo adoptivo de Hattori Hanzo, Kyouhachirou, estos dos pétalos de flores dejaron su legado en forma de otros dos pétalos. Estos niños, cada uno nacido con su propio destino, fueron Hachiro Kouga y Hibiki Iga. El primero tiene los ojos de su padre, mientras que el segundo tiene los ojos de su madre.

Ahora estamos en el Periodo Kan’ei y la paz reina de nuevo. Mientras los ninjas comienzan a desaparecer en las sombras tras ser declarados innecesarios, los clanes Kouga e Iga piden un favor a Hachirou y Hibiki con la esperanza de reforzar sus pilares.