La batalla por la sucesión que se extendió por tres generaciones de shoguns en el Periodo Keicho culminó en una cruenta batalla de artes ninja entre los clanes Kouga e Iga. Entre la lluvia de pétalos de cerezo que caía, un hombre y una mujer que habían decidido vivir juntos su vida, se separan de nuevo.
Sin embargo, se dice que gracias al hijo adoptivo de Hattori Hanzo, Kyouhachirou, estos dos pétalos de flores dejaron su legado en forma de otros dos pétalos. Estos niños, cada uno nacido con su propio destino, fueron Hachiro Kouga y Hibiki Iga. El primero tiene los ojos de su padre, mientras que el segundo tiene los ojos de su madre.
Ahora estamos en el Periodo Kan’ei y la paz reina de nuevo. Mientras los ninjas comienzan a desaparecer en las sombras tras ser declarados innecesarios, los clanes Kouga e Iga piden un favor a Hachirou y Hibiki con la esperanza de reforzar sus pilares.