CLANNAD nos narra la historia de Okazaki Tomoya, un estudiante japones de tercer año que ha sido nombrado como un delincuente, al comienzo de la historia el inclusive muestra desprecio por la ciudad en donde el ha vivido toda su vida. La madre de Tomoya murio cuando el era muy pequeño, dejando que su padre lo criara completamente solo. Luego del accidente el padre de Tomoya se volvio un adicto al alcohol y tambien un ludopata y tenia peleas muy recurrentes con su hijo.
Un día, cuando su padre discutia con Tomoya, estrello a su hijo contra la ventana, dislocando el hombro de Tomoya. Desde ese incidente su padre lo comenzo a tratar bien pero con distancia como si el y Tomoya fueran todo menos una familia. Esto hiere mas a Tomoya que la antigua relacion que el tenia con su padre, por eso constantemente se queda en la calle hasta altas horas de la noche, ademas de eso la lesion que tiene en su hombro le prohibe a el entrar en el club de baloncesto.
La historia comienza el 14 de Abril del 2003, Tomoya encuentra un día a una chica en las faldas de la colina que lleva a la escuela, una chica con poca confianza en si misma lo que causa que siempre este buscando el soporte en otras personas. En el transcurso de la novela conoce a mas personas importantes como tambien conoce otras chicas a las que llega a conocer mejor y las ayuda con sus problemas individuales.