Cortex Command es un juego de plataformas bastante diferente al resto. Está basado en la física y utiliza un preciso sistema de colisiones mediante píxeles.
En él controlarás a un robot que puede volar, disparar y recoger armas de tus enemigos abatidos. Descubrirás que tu robot también tiene habilidad para autodestruirse a base de porrazos, balas rebotadas u otros incidentes. El terreo también ‘sufrirá’ con los impactos, ya que es destructible.
Con el oro que recojas, usando escabadoras, pordrás comprar nuevas armas e incluso nuevos cuerpos.
El control no es fácil, tanto es así que se recomienda jugar con un mando (el autor incluso recomienda conectar los mandos de Xbox 360) así que paciencia las primeras partidas si juegas con teclado.
Cortex Command tiene modo para dos jugadores. Éste se desarrolla a pantalla partida en un mismo PC.