En agosto de 20XX, un portal aparece repentinamente en el distrito de Ginza de Tokio, y de él salen monstruos, caballeros mediavales y otros seres de fantasía procedentes de otro mundo que causan el caos en la ciudad. El Ejército de Autodefensa decide plantar cara a estos monstruos y devolverlos al interior del “Gate”. El Tercer Equipo de Reconocimiento será el escogido para una misión en la “Región Especial” a la que accederán atravesando el portal, y su líder será el otaku Youji Itami. En sus viajes por este mundo desconocido se les unirán una elfa superviviente al ataque de un poderoso dragón y les guiará por el peligroso nuevo mundo.