Tazuna es un estudiante de instituto/preparatoria que vive en Osaka y al que le encantan las máquinas. Un día recibe la petición de reparar un objeto desde un laboratorio universitario, algo que él emocionado acepta. Con la petición acaba conociendo a una chica llamada Koyori que lleva mucho tiempo postrada en cama. Guiado por un instinto misterioso, Tazuna toca la mano de Koyori y crean un arma llamada “Nimrod”, escuchando después el muchacho una voz:
“Aquellos que superen muchos combates y dificultades, quienes tuvieron una relevación y quienes intentan retarme, son los Hand Shakers”.
Así Tazuna y Koyori acaban en un mundo difernte llamado Ziggurat, donde son los Hand Shakers, los creadores de Nimrod al tocarse las manos. Su objetivo es vencer a otros Hand Shakers para conseguir una audiencia con “Dios”, quien les concederá cualquier deseo. Abrumado por el nuevo mundo que tiene ante sus ojos, Tazuna intentará comprender lo que sucede. Es en ese momento cuando un asaltante aparece y los ataca.