Heartomics: Lost Count es un híbrido de novela visual danmaku donde el Héroe está en una búsqueda para recuperar sus recuerdos. La historia se trata de “Hero”, un protagonista que ha perdido sus recuerdos. Él está acompañado por tres hermosas niñas “Euphony”, “Lyra”, y “Melody” que le ayudan en una búsqueda para recuperar sus recuerdos. Cuando se recupera un conjunto de recuerdos, los recuerdos más “memorables” son sacados a la superficie.