Estos almas, “Kindred spirits”, que se traduciría en castellano como “almas gemelas” y son las que dan el nombre al juego, murieron albergando sentimientos no correspondidos en su corazón, se encontraron y se enamoraron. Tras la muerte, siguen anhelando el deseo de experimentar su “primera vez” juntas antes de su definitivo descanso eterno…
pero no saben cómo.

Estos dos espíritus le piden ayuda a Yuna, la protagonista, para ayudarle a fomentar más parejas “yuri” en la escuela, ayudando así a despertar los sentimientos ocultos de las chicas de la academia, esperando así recopilar información para su propio fin antes de su descanso final.