El María Moliner electrónico incluye un amplísimo repertorio de herramientas de búsqueda, desde las más básicas hasta las más complejas, que actúan sobre los índices principales del diccionario: alfabético, inverso, desarrollos gramaticales, expresiones pluriverbales, topónimos y gentilicios, y abreviaturas y símbolos de uso general.

Se ha dedicado especial atención a la presentación del texto. El diccionario mantiene todas las distinciones tipográficas y la simbología originales, pero se han introducido ciertos cambios de formato para lograr una mejor adaptación del texto a la lectura en pantalla.

Las búsquedas avanzadas permiten actuar sobre la totalidad del texto, con múltiples posibilidades en el establecimiento de criterios y filtros de búsqueda: etimología, categoría gramatical, vigencia ámbito geográfico, materia, nivel de uso, etc. Las búsquedas avanzadas complejas sirven para combinar las simples, lo cual da un nivel de especificidad altísimo al motor de búsquedas del María Moliner.

Se han agilizado los saltos entre palabras y los vínculos entre distintos elementos del diccionario (expresiones pluriverbales, desarrollos gramaticales, etc.)

El motor morfológico se ha adaptado igualmente al corpus léxico de la tercera edición, que incorpora nueve mil entradas más que la segunda edición. En la versión 3.0 la lista general está formada por 91.752 entradas, frente a las 82.423 de la anterior.

Junto con la potente funcionalidad del sistema, se ha habilitado una interfaz intuitiva y fácil de manejar, de gran agilidad y velocidad de respuesta. Un cuadro auxiliar hace posible visualizar dos palabras simultáneamente sin pérdida de tiempo, lo cual puede resultar útil, por ejemplo, cuando se está consultando una entrada y se desconoce el significado de uno de los temas que aparecen en la definición. El cuadro de estructura posibilita la visualización esquemática global de los artículos, que ahorra tiempo al usuario, ya que le permite escoger la parte que le interesa sin necesidad de leer todo el contenido. Todas las abreviaturas están explicadas mediante cuadros flotantes sobre el propio texto de la entrada.

Las preferencias del María Moliner electrónico son muy completas. Entre otras opciones, se puede cambiar el color y el tipo de letra de los diferentes bloques de texto, y los colores de fondo, así como presentar u ocultar determinados campos según el interés del usuario. El zoom permite adaptar el tamaño de la letra a los gustos de cada uno. Como novedad es posible cambiar también la totalidad de la interfaz gráfica para que se adapte mejor a los gustos y necesidades del consultante.

El programa cuenta con un Conjugador, que ofrece la conjugación completa de todos los verbos de uso actual (incluidas las formas de voseo), y las conjugaciones de los verbos pronominales aparecen con los nombres correspondientes.

Además de su uso independiente, es posible consultar la definición de una palabra o la conjugación de un verbo desde un procesador de textos, desde una cuenta de correo electrónico o una página Web, u otra aplicación que permita copiar y pegar, mediante barras de herramientas y teclas de acceso rápido, con lo cual se potencian al máximo todas las cualidades del María Moliner como instrumento de apoyo en el trabajo con el ordenador.