El universo Marvel se tambalea. El Acta de Registro de Superhumanos es ahora la ley, y los superhéroes deben registrarse como armas de destrucción masiva, pasando a ser agentes autorizados del gobierno. Se declara una Guerra Civil, en la que Iron Man encabeza el bando de los favorables al Registro mientras que el Capitán América lidera a los opositores. Los enemigos a los que te enfrentes y las misiones que lleves a cabo dependen del bando que elijas.