La historia tiene lugar en el pequeño y prácticamente aislado pueblo de Hinamizawa. Los habitantes del pueblo todavía son adoradores de la ancestral deidad protectora del pueblo, Oyashiro-sama. Además, en los últimos años, durante el Festival del Watanagashi, que tiene lugar el tercer domingo de junio, siempre se comete un asesinato y una desaparición.
Y, sin saber nada de esto, el joven Maebara Keiichi se muda con su familia a Hinamizawa para comenzar una nueva vida.