“¡Seremos amigas por siempre!”, una frase que atesora de entre los recuerdos que creó siendo una niña con su vieja amiga Chinatsu Morikawa y a la que ahora está deseando poder volver a ver.

Sin embargo, cuando llega a su nueva escuela, comienza a tener problemas para encajar con sus compañeros.

Un día decide que tal vez aprender a jugar a Wixoss, un juego de cartas que está de moda, le sirva para hacer algunos nuevos amigos. Para en una tienda de camino a su casa y compra una baraja de cartas para iniciarse. Cuando llega a casa y abre las cartas, la chica que hay en una de ellas comienza a moverse y a hablar.

“Bienvenida, Selector”, le dice.

Las humanas escogidas como Selectors deben combatir por el control de cinco monedas que contienen todos sus recuerdos. Si pueden recuperar las cinco monedas, ganan y pueden abandonar el juego si así lo desean. Pero si pierden, como pago…

“Lostorage”. ¿Qué será de Suzuko ahora que se ha visto involucrada en este juego tan irracional?

Y al igual que Suzuko, Chinatsu también tendrá que enfrentarse a la realidad del juego…

Sin embargo, los estudiantes aprendieron que “el talento no es lo más importante en la vida, sino relacionarte con la gente y convertirte en mejor persona a la vez que creas recuerdos”. Sin embargo, poco sabían ellos de que ante sus narices se estaba ejecutando un misterioso proyecto y además se discriminaba entre los cursos.

Hajime Hinata es un muchacho del curso preliminar que está deseando tener una habilidad. Vivirá un fatídico encuentro que impulsará al futuro de la escuela en una dirección inesperada. Esta es la historia de lo que sucedió hasta “el mayor, más horroroso y más trágico evento de la historia de la humanidad”. La historia de una esperanza que acaba en desesperación.

Los miembros de la Future Foundation se reunieron para decidir su castigo, pero acabaron siendo atrapados en el lugar en el que se reunieron por Monokuma, quien les exige que den comienzo a la “Matanza Final”. Todos tienen unos extraños brazaletes puestos en las muñecas, y les administran tranquilizantes cuando llega cierto momento. Para empeorar las cosas, hay un verdadero traidor entre sus filas que se está dedicando a matar a los miembros de la Future Foundation.

En este juego en el que no existen los juicios, la única forma de librarse del traidor es encontrarlo y matarlo. Naegi se ve forzado a participar en el juego mortal definitivo, en el cual la única forma de sobrevivir es matar. Da comienzo la historia de desesperación en la que la propia esperanza acaba con la esperanza.