La humanidad tiene un solo rayo de esperanza.
 
Tras el desarrollo de los “God Arcs”, armas vivas que incorporan células Oracle, sus portadores se organizan en una fuerza de asalto de élite.
 
En un mundo destrozado por los dioses locos, estos “God Eaters” luchan en una guerra sin esperanza…

Asuka Kurashina se transfiere a la preparatoria Kunahama, donde conoce a Masaya Hinata y Misaki Tobisawa, quienes le hablan del deporte aéreo de moda: el Flying Circus, o FC para abreviar. Fascinada por este deporte, Asuka se une de inmediato al club de FC de la escuela.

Ella y sus compañeras en ocasiones viven momentos de tensión, pero también se apoyan unas a otras en la persecución de sus respectivos objetivos mientras se baten en duelo contra formidables rivales para poder triunfar en el torneo de verano de FC..

Cuatro años después la ciudad ha conseguido recuperarse de los ataques iniciales y los ciudadanos se han acostumbrado ya a los ataques. Yuma Kuga, un estudiante transferido, y su compañero Osamu Mikumo, se enfrentan a un Vecino que aparece ante ellos de repente. Osamu, que en realidad es un agente de Border, activa su Trigger pero por desgracia es incapaz de vencerlo. Esto obliga a Yuma a activar su propio Trigger y vencer al alien. Yuma revela que en realidad no es de Border y que es un Vecino que se ha cambiado de bando.