La base de esta flota que se opone a la “deep sea fleet” es Chinjufu. Allí, varias Kan-musume se reúnen para vivir en conjunto, entrenar diariamente, y esforzarse. Un día llega una nueva Kan-musume a Chinjufu, un destructor de clase especial llamado Fubuki. La historia de Fubuki y el resto de Kan-musume comienza ahora.

Rentaro Satomi es un muchacho que vive cerca de Tokio y que es miembro de la organización “Seguridad Civil” en Tokio, donde hace gala de sus habilidades especiales. La organización se especializa en la lucha contra Gastrea. Junto a él trabaja Enju, una jovencita. Un día ambos reciben una misión muy peculiar por parte del gobierno, una peligrosa pero cuyo objetivo es evitar la destrucción completa de Tokio.

“Ese arcoíris lo he visto antes…” dice para sí mismo. Llevado por un extraño presentimiento, se dirige hacia Tanegashima, donde está el Centro Espacial de Tanegashima, en solitario.

El misterio de la muerte accidental de su padre. Recuerdos de misteriosos chicos y chicas que conoció durante su infancia. Daichi llega a la isla repleto de complejas emociones y entonces la alarma salta en el centro espacial de Tanegashima cuando él se encuentra con el robot “Earth Engine”.

A Daichi le preguntan: “¿Eres el Capitán?”. El objetivo son las misteriosas formas de vida mecánicas conocidas como “Kirutogangu” que invande el planeta desde Urano. Ahora, con las estrellas del cielo en llamas, se abre el telón de su batalla…

Ahora, en la era moderna, el creador del universo, Majin, ha revivido de repente. A la vez, visitantes de la oscuridad han descendido sobre la Tierra. Mientras el peligro se acerca a la Tierra, tres hombres persiguen a un joven chico. “¿Coincide? ¿De verdad puede ser la última esperanza de la humanidad?”.

Ryuujin Shugo es un estudiante de instituto corriente, que pasa sus días en calma. Pero esa paz diaria llega a su fin cuando “Dark Bone” aparece ante él.

Dark Bone es implacable, y tienen intenciones de matar a Shougo.

Shougo hace todo lo posible por evitar sus ataques, pero el monstruo le atrapa. Todo parece que llegará a su fin cuando de repente… Una carta aparece desde el propio suelo, Shougo la toca, ¡y ocurre algo increíble! La carta brilla y Shougo queda envuelto por la luz.

“¡Es compatible!”, dicen los tres que persiguen a Shougo. De la luz surge “Dragon Bone”, la forma transformada de Shougo.

¿Por qué se ha transformado Shougo? ¿Qué era esa “carta”? ¿Quiénes son los tres perseguidores del chico? ¿Podrá Shougo vencer a “Dark Bone”? ¿Y qué es el creador del universo, Majin? ¡Nace una nueva leyenda!.