En Scooby-Doo: Bienvenidos al misterio, los jugadores pondrán a prueba sus habilidades como sabuesos para resolver los rompecabezas, combatir a los enemigos y recopilar pistas que les ayuden a desenmascarar cuanto antes a cada misterioso villano. Después de resolver cada misterio, los jugadores podrán utilizar los trajes especiales que se irán desbloqueando para Scooby-Doo, Fred, Velma y el resto de la panda para acceder a nuevas zonas en cada uno de los niveles.
Scooby-Doo: Bienvenidos al misterio acerca a los fans algo más que los queridos y excitantes ambientes y escenarios, sino que además llega con novedades en el juego y gráficos que aprovechan al máximo la capacidad de cada consola. El modo cooperativo esta concebido de modo sencillo para permitir a los jugadores saltar dentro y fuera del juego en cualquier momento.