Alrededor de 10 años después, este niño; llamado Gai, se convierte en aprendiz de Amon.

Este;pierde su brazo derecho en un accidente mientras fabricaba una espada. Amon para compensarlo le entrega una espada llamada “Shiryuu”,que se ha transmitido por generaciones, la cual tiene poderes demoníacos , y la convierte en un brazo artificial para Gai. Ese fue el comienzo de todo …

Sin embargo, se dice que gracias al hijo adoptivo de Hattori Hanzo, Kyouhachirou, estos dos pétalos de flores dejaron su legado en forma de otros dos pétalos. Estos niños, cada uno nacido con su propio destino, fueron Hachiro Kouga y Hibiki Iga. El primero tiene los ojos de su padre, mientras que el segundo tiene los ojos de su madre.

Ahora estamos en el Periodo Kan’ei y la paz reina de nuevo. Mientras los ninjas comienzan a desaparecer en las sombras tras ser declarados innecesarios, los clanes Kouga e Iga piden un favor a Hachirou y Hibiki con la esperanza de reforzar sus pilares.

Durante el mes de octubre en su tercer año de preparatoria, Koyomi Araragi conoce a una estudiante transferida llamada Ougi Oshino, a través de Kanbaru Suruga. Ougi le dice a Koyomi que ella quiere consultarle algo. Entonces dibuja el mapa de la escuela Naoestu y encuentra algo peculiar.
 
Este descubrimiento revela una historia que no se suponía que fuera contada y esto hace de la vida de Koyomi en la escuela algo totalmente diferente. Es la historia que trae a la luz “qué” hace Koyomi Araragi. Es la historia que revela el “inicio” de todo.