Submerged es un juego de combate libre en tercera persona donde exploras una misteriosa ciudad inundada y descubres la belleza de la desolación en vastos entornos exteriores. Interpretas el personaje de Miku, una adolescente que ha llevado a su hermano hasta la ciudad en su pequeña barca de pesca. Navega las calles de la ciudad inundada en tu barca, escala los edificios sumergidos y utiliza tu telescopio para rastrear la ciudad en busca de las provisiones necesarias para salvar a tu hermano moribundo. Mientras exploras la ciudad a tu ritmo, encuentras el hábitat que florece en este vistoso lugar y descubres objetos ocultos que conforman la historia de un mundo en ruinas y de una familia rota.