En The Fruit of Grisaia conocemos a Kazama Yuuji, primer estudiante masculino que comienza a estudiar en la Academia Mihama, un lugar aislado en el que cinco chicas viven sus vidas diarias y estudian. Allí Yuuji descubrirá, pese a los problemas en su vida, que las chicas también tienen mucho con lo que lidiar y que cada una lo hace a su manera. ¿Podrán ayudarse entre ellos? ¿O el peso de sus pasados será demasiado para ellos?