Tokyo Babel da comienzo cuando el Apocalipsis está a punto de producirse, con las Puertas del Cielo todavía selladas y el Infierno sumergido en agua. Los últimos ángeles y demonios se reúnen en Tokyo Babel para intentar ascender la Escalera de Jacob para entrar en el Cielo y alcanzar la redención. Mientras el mundo se desmorona, Tendou Setsuna se dirige a Tokyo Babel junto al demonio Lilith, el ángel Raizen y Kugutsu Sorami, una optimista estudiante de instituto que ha perdido la memoria.