Winged Sakura: Mindy’s Arc es un juego de Defensa-Estrategia de ritmo rápido del tipo anime de temática con la mecánica RPG basado en contar una historia acerca de Mindy Akumori, una chica débil que está actualmente sufriendo de amnesia. La historia está ambientada en un mundo dimensional desconocido donde Mindy está atrapado dentro de un edificio. El edificio contiene una plataforma de Sakura que le permite teletransportarse a diferentes lugares dentro del mundo tridimensional, llamadas entradas.
En esta era, Sakura (aka flores de cerezo), que se conoce como flores mágicas que dan los seres humanos la capacidad de convertirse en un contratista de Sakura, otorgándoles poderes anormales. Si el Contratista muere, la Sakura muere. Si el Sakura muere, muere el Contratista. ¿Será Mindy recordar su pasado? ¿Podrá sobrevivir y hacerlo de nuevo a su mundo vivo? Ayuda Mindy y convertirse en su salvador.