Ys I & II sigue la historia de un espadachín errante llamado Adol Christin en su aventura para librar el reino de Esteria de una horrible plaga de horribles monstruos que rompen la paz y la armonía de sus gentes en aquellas tierras antaño sagradas. Adol marcha en busca de los seis libros de Ys para descubrir la clave que le llevará a derrotar a este mal ignorando que su aventura había sido escrita por el destino hace muchos siglos.
Entre las novedades de esta versión remasterizada se encuentra la posibilidad de escoger estilos gráficos, compatibilidad con pantallas panorámicas, tablas de clasificación, juego en modo ventana, logros, cuatro niveles de dificultad, un modo Boss Rush adicional y otras novedades.